אי תלות מבקר פנימי ארגון וניהול עסקים
לועזית: controllers independence

בניגוד לרואי החשבון החיצוניים המבקר הפנימי משרת בראש ובראשונה את הדירקטוריון ואת ההנהלה הפעילה. משום כך הוא אינו מתיימר, ואף אינו מקיים בפועל, את התנאי הבסיסי של אי תלות שהוא תנאי יסודי החייב להתקיים באופן מוצהר, לגבי רואה החשבון החיצוני. מידה מסויימת של אי תלות המבקר הפנימי ניתנת להשגה ע"י הבטחת אי מעורבותו של המבקר הפנימי בביצוע, במיוחד אסור להטיל עליו תפקידי ביצוע בנושאים הקשורים לפעולה המבוקרת. המבקר הפנימי, כעובד של הגוף המבוקר, אסור שיהיה קשור בפעולה המבוקרת שכן רק אם יישמר כלל זה, הוא יהיה מסוגל לבקר, בצורה אובייקטיבית את הפעולה. בדרך כלל נוהגים להכפיף את המבקר הפנימי למועצת המנהלים או לועדת ביקורת המוקמת על ידי המועצה מקרב חבריה. בחברה בת הוא גם כפוף מבחינת נהלי עבודה למבקר הפנימי של חברת האם.